Действие происходит в недалёком будущем, через 33 года после того, как через гиперпространственный переход на Землю вторглись пришельцы, которых называют JAM. Совместными действиями стран мира и ООН вражеские силы были вытеснены на родную планету Фею, где продолжают идти военные действия. Но на Земле почти успели забыть о произошедшем и начали воспринимать войну с JAM как сюжет фантастического романа.
Главный герой, лейтенант Рей Фукаи, является пилотом «Вьюги», истребителя с уникальным интеллектом, высокой боевой мощью и маневренностью. «Вьюга» и Рэй входят в состав 5-го подразделения Специальных Воздушных Сил (SAF), которые являются частью FAF – Воздушных Сил Феи.
Тем временем JAM научились не только копировать технологии землян, но также предприняли попытку проникнуть в FAF, ставя под угрозу пребывание людей на Фее. Необычные способности «Вьюги» и Рэя могут стать последней надеждой закончить войну. Действие фильма разворачиваются в недалёком будущем, после того как огромный столб тумана внезапно появился на Южном полюсе. Этот столб — пространственные врата пришельцев JAM, по сути, дорога для порабощения Земли. Чтобы противостоять угрозе, Организация объединенных наций создаёт специальные Военно-воздушные силы.Рэй Фукай служит в силах самообороны Земли в специальной пятой эскадрилье. Его самолет «Вьюга» считается лучшим самолётом-разведчиком. Работа Рэя заключается в сборе информации о противнике. Но во время выполнения рутинного задания на него неожиданно нападает неизвестный враг.