Действие происходит в 1999 году, еще до появления Зентреди. В инопланетном космическом корабле, упавшем на Землю, была найдена сверхтехнология, из за которой разгорелась война между ООН и АнтиООН. Война затянулась на 8 лет, старые пилоты умирали одни за другим, и на их смену приходили совсем юные...
Шин Кудоу, молодой пилот истребителя F-14 Tom Cat военно-воздушных сил ООН, был сбит противником и потерпел крушение на одиноком тропическом острове Майян. Его спасли и выходили местные жители. По случайному совпадению, остров и племя, живущее на нем имеют отношение к Протокультуре, вероятно принесенной на Землю откуда-то извне еще в древние времена. И необычные энергетические явления, замеченные на этом острове очень близки по природе к сверхтехнологии, найденной ООН.. В «Макросс Зеро» рассказывается история пилота истребителя, который участвует в войне за объединение всего человечества, разгоревшуюся после падения инопланетного космического корабля на Землю. Син Кудо — один из пилотов недавно сформированного отряда «Череп», состоящего из новейших машин VF-0. Его истребитель терпит крушение на тропическом острове, где люди живут в тесном содружестве с природой. А тем временем в этих краях разворачивается битва, исход которой должен решить судьбу всей войны.