В прошлом человечество пережило войну с расой гигантов Зентради. После битвы с инопланетными захватчиками, человечество оказалось на грани вымирания и как единственный путь развития было принято решение осваивать космос. За много лет, прошедших с момента катастрофы, люди успели побывать в каждом уголке вселенной. И ныне, в 2059-м году в составе гигантского Иммиграционного Флота корабль Макросс Фронтир направляется к центру галактики. В один из дней на борт корабля прибывает поп-звезда Шерил Ном со своим концертом. В то же время внезапно намечается чрезвычайная ситуация - приходит информация о вражеском флоте, сметающем все заслоны военных. Положение становится настолько отчаянным, что объявляется боевая тревога. Несмотря на все попытки остановить атаку, вражеские корабли неуклонно продвигаются к гражданским судам... Человечество, будучи поставленным перед угрозой уничтожения от рук инопланетных пришельцев — Зентреди, высылает флоты колонизационных кораблей в космос с целью реализовать миссию по обеспечению собственного будущего. В одном из таких флотов под названием «Макрос Фронтир» жизнь старшеклассника Саотомэ Альто навсегда меняется, когда флот неожиданно атакуют неизвестные существа, как раз в то время, когда он проводит показательное выступление на концерте чрезвычайно популярного поп-идола Шерил Ноум.Отряды пришельцев сеют разрушение и хаос; и у Альто, чтобы защитить Ранку Ли — молодую девушку, которую он встретил всего несколькими часами ранее, не остаётся иного выбора, кроме как занять место погибшего пилота в кабине новейшего боевого юнита. Отметив его действия в ходе инцидента, частная военная компания «S.M.S. Skull Squadron» приглашает Альто присоединиться к их организации, в рядах которой он впоследствии и продолжит защищать как своих друзей, так и «Макросс Фронтир».