Близкое будущее, 2032 год. Техника достигла невиданного прогресса, люди делят мир с киборгами и роботами. Бато - детектив отдела полиции по борьбе с терроризмом. Он - живой киборг, оснащенный искусственными руками, ногами и прочими частями тела. Остался лишь его прежний мозг да память о ней, о Мотоко Кусанаги.
Вместе с напарником Тогусой Бато расследует серию убийств роботами своих владельцев, причем все роботы относятся к экспериментальной модели секс-андроидов фирмы Locus Solus. Компания предпочла бы замять дело, отозвав роботов с рынка и договорившись с родственниками погибших. Но Бато и Тогуса - не из тех, с кем можно заключить полюбовную сделку. Прошло много лет после событий первого фильма.«9-й Отдел» по-прежнему выполняет свою работу.Киборгизированный полицейский Бато с партнером Тогусой после таинственного исчезновения "Майора" Мотоко Кусанаги назначаются расследовать серию убийств, совершенных прототипами гиноидов, самоуничтожающимися после этого. Но перед самоуничтожением один из таких гиноидов попросил Бато о помощи...