В далеком будущем две трети населения Земли уничтожено из-за различных природных катаклизмов. От сна пробудились ангелы Тени, бессмертные крылатые создания, цивилизация которых была разрушена 12 000 лет назад. Вернувшись, ангелы Тени решили отомстить людям и вновь подчинить себе мир. Но люди не были согласны покорно ждать полного уничтожения. Из руин на дне моря они подняли три вектора — боевые машины, созданные некогда ангелами Тени.
Вот уже 11 лет война идет с переменным успехом. Людей становится все меньше, но и мифические звери нередко проигрывают в борьбе с гигантским роботом. И обе стороны ждут появления Солнечного Крыла, реинкарнации ангела Аполлониуса, некогда уничтожившего собственных соплеменников. Ему одному под силу вернуть Древу Жизни былое величие. Но он может встать и на защиту людей, раскрыть истинные возможности Аквариона и уничтожить ангелов раз и навсегда. Судьба мира зависит от его выбора. В далёком будущем человечество вновь столкнулось с угрозой в лице Теневых Ангелов, таинственных существ, которые вернулись после 12000 лет отсутствия. Они нападают на города и похищают жителей, чтобы использовать их прану — жизненную энергию. Противостоять Ангелам могут только люди со специальными способностями, которые учатся пилотировать Векторы, три древних корабля, вместе составляющие человекоподобное оружие — Акварион.История разворачивается вокруг Аполло, подростка, которого считают реинкарнацией Аполлония, падшего ангела, боровшегося на стороне человечества против своего рода. Некоторые верят в это, некоторые — нет. Но вопреки всем сомнениям, непокорный и дикий Аполло займёт ведущую роль в новой битве с Теневыми Ангелами.