2015 год, Токио-3. 15 лет назад произошёл Второй удар, в результате чего Антарктида растаяла, Землю накрыла глобальная катастрофа, и большая часть человечества погибла. Теперь планету атакуют Ангелы — загадочные существа, противостоять которым могут только созданные с помощью биотехнологий гигантские роботы серии «Евангелион».
14-летний Синдзи Икари направлялся на встречу с отцом, руководителем влиятельной организации NERV, когда Токио-3 подвергся нападению Ангела. С помощью капитана Мисато Кацураги парень добирается до подземной штаб-квартиры NERV и единственное, что он хочет сказать отцу, как сильно он его ненавидит. Но на месте выясняется, что Синдзи должен прямо сейчас залезть в робота и сражаться с Ангелом. После Второго удара всё, что остаётся от Японии — это город Токио-3, подвергаемый постоянным атакам гигантских существ, стремящихся уничтожить человечество, называемых Ангелами.Синдзи Икари, до этого не видевшийся с отцом три года, получает от него телефонный звонок с требованием немедленно прибыть в штаб-квартиру Nerv, организации, противостоящей Ангелам. Для борьбы с Ангелами.Nerv используют гигантских роботов, называемых Евангелионами.Задачей Синдзи становится пилотирование Евы-01 и работа в команде с пилотом Евы-00 Рей Аянами.