Много лет назад люди были изгнаны с родной планеты ордами ужасных чудовищ и бежали, спасая остатки человечества, на космических кораблях в надежде найти новый дом. А когда надежда окончательно растаяла, и немногие выжившие решили вернуться и сражаться за Землю, они потерпели сокрушительное поражение от нынешнего правителя планеты — Годзиллы. Но вскоре выяснится, что выжили не только сбежавшие в космос. Некоторые люди приспособились к новым условиям и даже создали нетехногенную цивилизацию. Двум группам таких разных теперь людей придется объединить усилия, чтобы противостоять общему врагу. Прибыв на Землю спустя 20 000 лет, Харуо вместе с остатками человечества обнаруживают, что планета стала совершенно другой. Флора и фауна здесь олицетворяют Годзиллу, а сама Земля спустя тысячелетия превратилась в планету-монстра, управляемую гигантской Годзиллой высотой 300 метров. Человечество оказывается на грани исчезновения и вынуждено бороться за своё выживание.Жаждущий победить Годзиллу и вернуть планету человечеству, Харуо встречает на Земле потомков коренных народов, племя Хутуа. Сёстры-близнецы Хутуа, Маина и Миана, ведут его к останкам Меха-Годзиллы, древнего оружия против Годзиллы, которое всё ещё живо и приняло форму самогенерирующегося нанометалла. Теперь Харуо предстоит обнаружить целый Город Меха-Годзиллы, порождённый нанометаллом за многие годы, способный уничтожить монстра и помочь отстоять право человечества на жизнь на Земле.