Прошло 4000 лет с тех пор, как человечество оставило колыбель цивилизации, планету Земля. Окруженное враждебными Gnosis, человечество пытается найти способы победить угрозу своему существованию. Развитие KOS-MOS (специализированный андроид с удивительными способностями) инженером Shion Uzuki было откликом на угрозу. Но когда их судно разрушили Gnosis, Shion и ее товарищи оказываются в центре сражения. Время действия - далекое будущее. На дворе, вернее за иллюминатором 4767 год. Технологии сделали огромный прорыв - космические путешествия, червоточины, все это стало рутиной для здешних жителей. Но сказка не может длиться вечно. На Землю пришли они - Гнозис, враждебные существа, целью которой является полное уничтожение человечества. Прошло 14 лет с того дня, дня о котором никто не хочет вспоминать, но без прошлого не может быть и будущего..