Япония, середина XIX века. Конец многовековой изоляции, период бурь и потрясений, последние годы сегуната Токугава. Столкновение западного опыта и восточной мудрости взволновало умы и привело к рождению новых идей – порою весьма опасных. Это в полной мере испытал на себе Кодо Юкимура – известный целитель, прошедший обучение у голландских специалистов. После очередного приглашения в столицу доктор Юкимура таинственно исчез. Его дочь Тидзуру, не в силах вынести неизвестность, переоделась юным самураем, взяла фамильный меч-кодати и отправилась в Киото на поиски отца. История продолжается с момента, где закончился первый сезон.Просуществовав 260 лет, эпоха Эдо завершилась, и началась эпоха Мэйдзи. Численное превосходство и мощь огнестрельного оружия всё дальше оттесняют оставшихся в живых войнов Синсэнгуми, которые теперь направляются на помощь и защиту клана Айдзу. К тому же, проблема с Расэцу до сих пор ещё не решена.