Футбольная организация «Пятый сектор» приглашает команду школы Raimon в футбольный лагерь. Вскоре выясняется, что «Пятый сектор» намерен уничтожить Raimon. Парни начинают усиленно тренироваться, чтобы дать противнику отпор.
События разворачиваются в параллельном мире после окончания первой арки «Инадзума 11» и рассказывают историю с точки зрения трёх главных героев — Рёхэя Хайзаки, Асуто Инамори и Юмы Носаки. Группа ребят, живущих на острове, очень любит играть в футбол, но их футбольный клуб внезапно закрывают, и
После победы на национальном футбольном чемпионате команда школы Raimon Junior ожидает объявления игроков, которые войдут в сборную страны и будут представлять Японию на международном турнире. Рёхэй, Асуто и Юма вскоре понимают, что на этот раз им придётся столкнуться с могущественным противником,