История Харлока началась с возвращения на Землю капитаном военного корабля, перевозящего беженцев. Была война, и земляне потерпели поражение. Сопротивление ушло в подполье, и только радиовещание на пиратской волне «Голос свободной Аркадии» напоминает, что земляне продолжают бороться. Отказавшись служить захватчикам и получив нелестную характеристику капитулировавшего премьер-министра, Харлок становится гражданским и получает продовольственную карточку. Делать нечего: ни оружия, ни корабля у бывшего капитана больше нет, как и средств к существованию. Единственный способ не умереть с голоду — использовать карточку, и Харлок отправляется в местную столовую, где знакомится с опустившимся военным механиком Тотиро. Далёкое будущее. Земля и бо́льшая часть человечества порабощены воинственной империей Иллюмидус. Харлок — капитан «Призрачной смерти», космического крейсера, перевозящего беженцев, один из немногих оставшихся противников тирании инопланетных захватчиков — тоже терпит поражение. Подвергшись атаке оккупационных сил Иллюмидуса, он вынужден совершить посадку на одной из захваченных врагами баз Земли.На захваченной Иллюмидусом базе Харлок встречает Тотиро Ояму, который показывает ему великолепный линкор, созданный им по потерянным технологиям своих предков, и называет его «Аркадия», в честь родины клана благородных пиратов-рыцарей Харлоков.Космический капитан Харлок, последний потомок из клана пиратов-рыцарей, начинает свой путь, чтобы освободить Землю и всё человечество.