1889 год. 13 лет назад в королевстве Тортес произошёл государственный переворот, в ходе которого было уничтожено древнее оружие под названием Вавилонская Башня, управлявшееся одним из камней Голубая Вода и способное истребить всё живое на земле. Вместе с оружием погибло и королевство.
Выжившие разбились на две враждующие секретные организации — Нео-Атлантис, возглавляемый бунтовщиками, пользующийся поддержкой императора Нео и ставящий целью захват мира, и Наутилус, возглавляемый королём Тортеса, Немо. Теперь трио злодеев охотится за камнем Голубая Вода и его хранительницей Надей, ещё не знающей, что за артефакт она носит. В 1889 году мир переживает техническую революцию. Но не всё идёт гладко — зловещий враг, известный как Гаргойл, одержимый идеей восстановления империи Атлантов, начинает приводить в жизнь планы по захвату мира. Надя, молодой изобретатель Жан и капитан Немо, путешествующий на подводной лодке Наутилус, начинают свою борьбу против Гаргойла и его Нео-Атлантиса.