Будущее. В городе Метрополис, где живут люди и роботы, властвуют жёсткие общественные структуры, а беспорядки и вспышки насилия усиливаются с каждым днём. В поисках доктора Лотона, которого подозревают в торговле органами, детектив Сюнсаку Бан и его племянник Кэнъити прибывают в Метрополис. В лаборатории Лотона Кэнъити обнаруживает странную девушку. Огромный мегаполис Метрополис раздирают социальные проблемы. Это мир, где роботы заменили людей во многих сферах производства. Это мир, где правят могущественные государственные корпорации. Это мир, полный предрассудков, насилия и беспорядков, которые растут с каждым днём.Детектив Бан Шунсаку вместе с племянником Кэничи прибывают в Метрополис для расследования дела доктора Лоутона, обвиняемого в торговле органами. Однако в лаборатории доктора детективы находят только девочку по имени Тима. Она — киборг, потерявшая память о своём прошлом. Также за ней почему-то охотятся власти города. Кэничи хочет помочь ей и помогает девочке скрыться. Бан же вынужден разыскивать своего племянника, при этом открывая страшные тайны города.