Идёт 2015 год. Семнадцатилетний Камина Аято заканчивает школу в Токио. Из родителей у него — только вечно занятая мать. Два года назад в результате нападения неизвестных захватчиков всё человечество погибло, осталась невредимой только относительно небольшая территория с центром в Токио, выехать за пределы которой невозможно. Ученикам говорят в школе, что всё население планеты составляет теперь не более 23 миллионов человек.
Однажды утром по дороге в школу Аято становится свидетелем начала войны — силы самообороны отражают нападение неизвестного врага, применяя, помимо обычной боевой техники, невиданное оружие, имеющее вид гигантских существ или роботов гуманоидного типа — долемов. В 2012 году Японию наводнили Мю — человекоподобные существа с голубой кровью, пришедшие из иного измерения.В 2015 году захватчики атакуют Токио, но отступают под натиском гуманоидного оружия под названием «долем».Во время всей этой неразберихи Аято Камина встречает свою одноклассницу Рэйку Мисиму. В тот же самый день его атакуют люди правительства, но на помощь приходит женщина по имени Харука Сито и сообщает ему, что её послала организация «TERRA», и что Токио был запечатан во временном разрыве, где время бежит лишь с третьей частью той скорости, с какой оно бежит во всём остальном мире. Он скрывается от Харуки и запрыгивает на поезд, где снова встречает Рэйку. Прибыв в Зал Ра, он следует за ней к ужасающих размеров яйцу, из которого вылупился долем Ра-Зефон (англ. RahXephon). Неожиданно появляется мать Аято на вершине долема, остановившего вторжение «TERRA». В битве мать Аято получила ранение, и, увидев её голубую кровь, Аято вместе с Харукой убегают прочь...