«Чёрная лагуна» — маленькая компания, которая доставляет грузы, зачастую нелегальные, по всему Южно-Китайскому морю. Тёмная сторона жизни Таиланда, Филиппин, Малайзии, Индонезии и даже Японии. Мафии разных стран — от Китая и Италии до Колумбии и России — бьются за власть в главном пиратском городе восточных морей, мифическом Роанапуре. Рокуро Окадзима — типичный японский служащий, работающий на крупную корпорацию и живущий в городе, население которого едва ли не полностью состоит из похожих людей. Как и у многих, его обычный день компонуют многочисленные «пинки» начальства и «деловые встречи», обязывающие Рокуро не столько работать, сколько выпивать вместе с клиентами.Одним днём привычный образ жизни «рабочей лошадки» нарушает неожиданная командировка. В качестве посыльного, которому вверили диск с чрезвычайно важной информацией, начальство отправляет Рокуро в тёплые воды Южно-Китайского моря. Казалось бы, нужно всего-то пересечь пару десятков морских миль, сойти у берегов Борнео и вручить ценную посылку менеджеру тамошнего филиала. Но, как известно, не всё творится, что просто говорится. По пути корабль, на котором плывёт Рокуро, захватывают пираты, нанятые русской мафией.Расставшись с посылкой, взамен получив пару болезненных ударов, Рокуро решает, что отделался мелкой монетой. Однако ствол блестящего пистолета, в ту же минуту вновь направленный на него, доходчиво объясняет обратное. Так мягкотелый клерк становится заложником на маленьком пиратском судне под названием «Лагуна».Пока диск с информацией о незаконной деятельности ещё не попал в руки мафии, совет директоров корпорации решает избавиться не только от пиратов, но и от неудавшегося посыльного. Чтобы замести следы, бизнесмены покупают услуги наёмников, которые в ближайшие пару часов становятся серьёзной проблемой для экипажа «Лагуны». Как ни странно, выбраться из передряги им помогает пленный Рокуро, с тех пор «похороненный» в родной стране как безликий служащий и «воскресший» как пират в чужой.