После смерти приемного отца юный Сиро Эмия жил-поживал в одиночестве в огромном поместье. Вырос 16-летний парень добрым, работящим и хозяйственным, потому был окружен заботой и вниманием сразу двух девушек – младшей школьной подруги Сакуры Мато и учительницы Тайги Фудзимуры, формально – опекуна, на деле – скорее старшей сестры. Все рухнуло, когда Сиро узнал, что родной город Фуюки – арена магической битвы за Святой Грааль, которая повторяется раз в несколько поколений. Вот только мир ускоряется, в итоге с последней войны прошло всего 10 лет – и уже пришла пора новой.
Согласно древним законам, «королевскую битву» ведут семь Мастеров-магов, каждый из которых вызывает Слугу – одного из вечных героев ушедших или будущих эпох. Последний оставшийся Мастер получает Грааль – величайшее сокровище, которое выполняет любое желание. Правил нет, цель оправдывает средства, вчерашний друг может оказаться соперником и без раздумий предать, ударить в спину. Узнав правду, Сиро становится перед тяжким выбором – уйти, отказаться от борьбы или рискнуть и поставить на карту все - невеликий (так он думает) магический дар, горячее сердце, отчаянное желание спасти всех, кто ему дорог. Но последней каплей на чаше весов чести и мужества станут зеленые глаза из далекого прошлого, засиявшие той самой ночью. Ещё будучи ребёнком, Сиро Эмия теряет своих родителей в огромном и необъяснимом пожаре. Его спасает, а затем и принимает в свою семью, человек по имени Кирицугу Эмия, утверждающий, что он — маг. Из разговоров семьи, Сиро узнаёт о неудачном стремлении своего отца стать «Героем справедливости», защитником человеческого рода, оберегающим слабых и невиновных. Проникшийся идеями Кирицугу, Сиро намеревается посвятить свою жизнь помощи людям и умоляет приёмного отца научить его магическому искусству, но оказывается бездарным практически во всех фундаментальных магических дисциплинах.В один прекрасный день Сиро становится свидетелем сражения между двумя невероятно могущественными людьми и непреднамеренно вызывает девушку в сияющих латах ради защиты своей жизни. Позже он узнаёт, что этот конфликт, известный как «Война за Святой Грааль», включает в себя цепочку сражений между семью могущественными магами. Маги могут вызвать «Слуг», героических духов древности, чтобы те сражались за них в битве за обладание реликвией, исполняющей желания, Святым Граалем.История вращается вокруг Сиро, его затруднительного положения в войне за Святой Грааль и его личной битвы за отстаивание своих идеалов.