Исчезновение Харухи Судзумии

17 декабря был обычный школьный день. Приближается Рождество, и у Харухи появляется идея организовать вечеринку по этому поводу. Однако, по какой-то причине мир для Кёна на следующий день полностью изменился, после некоторых сомнений он понял, что Харухи больше нет в его школе. Нагато теперь не пришелец, Микуру — обычная школьница, а следа загадочного переведённого ученика и не было. Наступает середина декабря, и глава бригады SOS Судзумия Харухи объявляет о том, что Рождество они проведут в комнате клуба за рождественским ужином. Все члены SOS начинают приготовления. Спустя пару дней по дороге в школу Кён начинает замечать странности: не вяжется разговор с Танигути, тот внезапно заболел и не помнит вчерашнего разговора. В классе нет Харухи, а Рёко Асакура ожила и сидит на её месте, разговаривая с Кёном как ни в чём не бывало. Микуру Асахина не узнает Кёна, а Нагато – обычная девушка и единственный член литературного клуба.Ни бригады SOS, ни Харухи в этой школе никогда не существовало...