Действие разворачивается в параллельном мире, где наука спетена с магией, и сверхъестественные способности давно никого не удивляют. Их носители делятся на две категории: эсперов, которые в результате направленной мутации получили один, пусть и мощный дар, и магов, которые могут быть слабее, но диапазон возможностей у них куда шире. Юных эсперов со всей Японии собирают в единый образовательный центр – город под названием Академия.
Там и учится Тома Камидзё. Дар у парня весьма странный: его правая рука – универсальный негатор, то есть обнуляет любое парафизическое, магическое или божественное воздействие. А раз так, считает Тома, то и немногие крупицы счастья, посылаемые судьбой, до него просто не доходят, и вся его жизнь – полная невезуха. То на телефон наступит, то не с теми парнями свяжется, то обнаружит на перилах собственного балкона на редкость милое и голодное юное создание в костюме монашки. Индекс, одну из главных персонажей истории и по совместительству причину большинства незаурядных событий, происходящих в Академия-Сити, по-прежнему преследуют влиятельнейшие волшебные общества. Сильные мира сего все еще намерены использовать имеющиеся в её голове 103 тысячи запрещенных Церковью гримуаров для достижения своих целей. В эти тяжелые времена ей, как и прежде, придется положиться на своего близкого друга Тому Камидзё, который вместе со вспыльчивой Микото Мисакой и остальными товарищами не намерены оставлять подругу в беде.