Тэмма Мацукадзэ вступает в футбольную команду «Раймон», но во время матча понимает, что игра сильно отличается от его ожиданий — футбол в Японии контролируется организацией «Пятый Сектор», возглавляемой «Святым императором» Сюдзи Исидо. По его приказу решается — проигрывает ли команда матч или выигрывает. Вместе со своими товарищами Тэмма Мацукадзэ борется за свободный футбол, чтобы каждый мог играть без указаний. Сюжет истории разворачивается после окончания турнира «Священный Путь», что проходил в предыдущей части аниме.Тэнма возвращается в среднюю школу Раймон, но это уже не та школа, что он знал, а все участники команды больше не играют в футбол. Когда же Тэнма встречает Альфу, капитана команды «Протокол Омега», он понимает, что находится в параллельном мире, где Альфа — участник секретного проекта по уничтожению футбола в будущем.Чтобы помочь Тэнме в его приключениях, фургончик команды из предыдущей части был изменен в летающую машину времени.