Знатокам известно, что ниндзюцу не умерло в эпоху Токугава, а ушло в тень, распустив слухи о своей кончине. Теперь ниндзя служат правительству, а готовят их под прикрытием обычных школ, и токийская академия Хандзо - одна из них. Там под руководством Кирия-сэнсэя учатся пять девушек: простоватая Асука, манерная Икаруга, раскованная Кацураги, одноглазая Ягю и милашка Хибари. Асука только что прошла очередной экзамен и, чтобы отметить событие, сэнсэй отправляет учениц на вроде бы несложную миссию в торговом районе. Тут и выяснилось, что девушек-ниндзя в Японии много, и не все они одержимы идеалами добра, справедливости и госслужбы. Некогда ниндзя были слугами богатых и знатных властителей, обученные шпионить, доносить, убивать, выполнять любой приказ. Хотя времена изменились, потребность в ниндзя не исчезла. Именно поэтому была создана особая частная школа — Государственная академия Ханзо, где существует специальный класс для обучения всем премудростям нелёгкой жизни современных ниндзя. Правда, в этом классе учатся одни лишь девушки: простодушная Аска, извращённая Кацураги, неуклюжая милашка Хибари, серьёзная Икаруга и, самая младшая из них, гений-ниндзя Ягю. Каждая может похвастаться своей уникальной, секретной техникой боя, которые они постоянно совершенствуют во время тренировок в школе и вне неё.Эти девушки и станут главными героинями сериала, который расскажет нам о любви и грёзах пяти нео-ниндзя, посвятивших свою юность борьбе со злом.